Tóm tắt

Nontuberculous mycobacteria (NTM) là vi khuẩn thuộc họ Mycobacteriaceae

thường tồn tại trong môi trường đất, nước. Khoảng 200 loài NTM và 13 dưới loài

được xác định, trong đó chỉ có khoảng 50 loài phân lập từ bệnh phẩm, có liên quan

đến bệnh lý ở người. NTM có thể gây bệnh ở hầu hết các tổ chức, trong đó tổn

thương phổi do NTM chiếm tỷ lệ cao nhất. Thời gian gần đây bệnh nhiễm trùng do

NTM có xu hướng gia tăng trên thế giới cũng như ở Việt nam. Nghiên cứu của Pyarali

cho thấy tỉ lệ hiện mắc NTM đã tăng gấp 3 lần trong giai đoạn 2001- 2015 (từ 93,1

lên 227,6/100.000 dân). Tỉ lệ mắc và tử vong do NTM đã tăng lên trên thế giới có

liên quan đến sự chậm trễ trong chẩn đoán và điều trị. Riello thực hiện kỹ thuật PCR

-RFLP trên 55 bệnh nhân được chẩn đoán lao bằng phương pháp nuôi cấy cho thấy có

18 (32,7%) bệnh nhân được xác định nhiễm NTM. Nghiên cứu tại Bệnh viện 74

Trung ương bằng giải trình tự gen hsp65 cho thấy nhóm mycobacteria phát triển chậm

chiếm 61,7%, trong đó Mycobacterium avium complex phổ biến nhất (37,4%), tiếp

theo là M. lentiflavum (7,0%) và M. simiae (7,0%). Nhóm phát triển nhanh chiếm

38,3%, chủ yếu gồm M. abscessus complex (31,3%) và M. fortuitum (7,0%). Chẩn

đoán sớm và chính xác loài NTM là chìa khoá then chốt trong việc quản lý người

bệnh và đưa ra phác đồ điều trị tối ưu. Việc điều trị kháng sinh không phù hợp có thể

giảm hiệu quả điều trị. Do đó việc định danh đến loài, dưới loài NTM nhanh chóng

và chính xác là rất quan trọng.

NTM có đặc điểm kháng thuốc phức tạp và đa dạng, là thách thức lớn trong

điều trị, sự đa dạng về loài dẫn đến khác biệt rõ rệt về kiểu hình kháng thuốc giữa

nhóm phát triển chậm và phát triển nhanh. Trên thế giới, tình trạng kháng thuốc của

NTM ngày càng gia tăng, đặc biệt là kháng macrolide – nhóm thuốc đóng vai trò trụ

cột trong điều trị. Tỷ lệ kháng clarithromycin ở M. abscessus có thể lên tới 40–60%,

trong khi ở Mycobacterium avium complex dao động khoảng 10–40%, và có liên quan

chặt chẽ đến thất bại điều trị. Tại Việt Nam, các nghiên cứu bước đầu cũng ghi

nhận xu hướng tương tự với tỷ lệ kháng macrolide đáng kể ở các chủng lâm sàng,

đặc biệt là M. abscessus. Về cơ chế, kháng macrolide chủ yếu liên quan đến gen2

erm(41) gây kháng cảm ứng và đột biến gen rrl gây kháng mức cao. Ngoài ra, các

gen rrs, rplC tham gia vào kháng aminoglycoside và linezolid. Sự gia tăng

kháng thuốc cùng với đa dạng cơ chế di truyền đòi hỏi cần định danh loài và phát

hiện gen kháng thuốc nhằm tối ưu hóa điều trị NTM.

Hiện nay, nuôi cấy vi khuẩn vẫn được xem là tiêu chuẩn vàng trong chẩn

đoán nhiễm trùng do NTM. Tuy nhiên, phương pháp này có một số hạn chế như thời

gian nuôi cấy kéo dài, không phân biệt chính xác giữa các loài NTM có đặc điểm

tương đồng. Bên cạnh đó, nhiều loài NTM có mối liên quan di truyền rất gần nhau,

khiến việc định danh chỉ dựa trên một đoạn gen đơn lẻ thường không đạt độ chính

xác cao. Do đó, các phương pháp sinh học phân tử, đặc biệt là giải trình tự gen, ngày

càng được ứng dụng nhằm hỗ trợ và nâng cao độ chính xác trong định danh loài

NTM. Trong bối cảnh đó giải trình tự toàn bộ hệ gen (WGS) được xem là giải pháp

tối ưu giúp khắc phục những hạn chế của kỹ thuật đơn gen Giải trình tự Nanopore

ngày càng được sử dụng phổ biến để xác định các vi sinh vật gây bệnh. Một

số nghiên cứu gần đây cho thấy công nghệ giải trình tự Nanopore có hiệu quả chẩn

đoán cao đối với NTM và có thể xác định trực tiếp xác loài vi khuẩn. Tại Huế chưa

có nghiên cứu nào về nhiễm trùng phổi do NTM. Với lý do đó chúng tôi tiến hành

nghiên cứu đề tài “Định danh loài vi khuẩn nontuberculous mycobacteria gây

nhiễm trùng phổi bằng phương pháp giải trình tự gen Nanopore” với 2 mục tiêu

cụ thể sau:

1. Xác định chính xác tên loài thuộc nhóm vi khuẩn NTM gây nhiễm trùng

phổi bằng kỹ thuật giải trình tự gen Nanopore trên máy MinION.

2. Phân tích một số gen liên quan đến tính kháng thuốc nhóm macrolide,

aminoglycoside và linezolid của các chủng NTM.